Une série de meurtres macabres mettent Lara aux prises avec un Alchimiste surgi du passé et une mystérieuse alliance de puissants personnages. Au cœur de ce mystère se trouvent les Peintures d'Obscura, cinq oeuvres du 14e siècle que l'Alchimiste cherche désespérément à récupérer. Accusée du meurtre de son ancien mentor, Von Croy, Lara devient une fugitive. La police aux trousses, elle se lance à la poursuite de l'Alchimiste dans un monde d'intrigues, de trahisons et de vengeances, où elle devra défier l'alliance impie et l'empêcher de lâcher ses terribles pouvoirs sur le monde.