Après que les Incroyables aient vaincu Syndrome dans le film de Pixar Animation Studios présenté par Walt Disney Pictures, une nouvelle menace émerge des profondeurs de la Terre avec un plan diabolique : polluer les principales villes du monde et faire accepter les lois de son monde souterrain à l'humanité. Le destin du monde repose à nouveau sur les épaules de M. Incroyable et de son ami Frozone alors qu'ils se retrouvent dans les souterrains de la ville pour combattre ce nouvel ennemi, le Démolisseur.